Vzhľadom k jednoznačnej klinike / príznakom / je diagnostika zápalov MM častokrát veľmi jednoduchá a mal by ju zvládnuť každý lekár. Základom je odber anamnézy, teda zistenie odkedy, koľkokrát, ako dlho má pacient alebo pacientka problémy. Nemôžeme sa zabudnúť spýtať na alergie a eventuálne na graviditu u žien, ktoré môžu byť tehotné.
Ďalšou neoddeliteľnou súčasťou diagnostiky je vyšetrenie moču a to buď chemicky / papierikom /, alebo mikroskopom / sediment /, zvyčajným nálezom je prítomnosť krvi a bielkovín v moči alebo baktérií, bielych krviniek / leukocytov/, občas aj erytrocytov/ červených krviniek/.
Vyšetrenie moču môžeme doplniť o kultivačné vyšetrenie moču. Zisťujeme pri ňom, ktorá baktéria je zodpovedná za zápal a ktoré antibiotiká dokážu zápal vyliečiť. Toto vyšetrenie sa volá kultivácia a citlivosť moču.
Ak sa zápal opakuje alebo je sprevádzaný teplotou, môžeme zrealizovať ultrasonografické vyšetrenie močového mechúra a obličiek.
Pri chronických alebo recidivujúcich, intersticiálnych zápaloch je vhodná aj cystoskopia, ide o vyšetrenie močového mechúra pomocou špeciálnej kamery, kedy vidíme obsah dutiny močového mechúra zvnútra. Veľa pacientov sa obáva tohto vyšetrenia, avšak v modernej dobe je vyšetrenie nebolestivé a jeho prínos je veľký.
Odber vzorky sliznice močového mechúra je skôr výnimkou, ale zriedkavo sa aj toto vyšetrenie môže zrealizovať.