Najúčinnejšou liečbou zápalov močového mechúra sú antibiotiká alebo tzv. chemoterapeutiká najčastejšie chinolóny. Pri liečbe treba prihliadať na veľa faktorov a to napr. na alergie, graviditu, predchádzajúcu liečbu, stav obličkových funkcií, ale hlavne na výsledky tzv. kultivácie a citlivosti. Toto vyšetrenie nám najlepšie ukáže, aká baktéria je zodpovedná za zápal a aké antibiotiká budú mať najlepší efekt v liečbe zápalov. Dôležitý je, samozrejme, dostatočný pitný režim a pobyt v teple. Okrem antibiotík, ktoré sa do tela môžu dostať, ako tablety alebo ako injekcie/ do svalu alebo do žily/, je vhodné aj užívanie probiotík. Na rozdiel od antibiotík sa probiotiká dajú voľne kúpiť v lekárni. Najčastejšie používané antibiotiká sú ciprofloxacin, nitrofurantoin, norfloxacin, perfloxacin, cotrimoxazol, ampicilin, cefuroxim a podobné liekové skupiny.
Iná je liečbe akútneho zápalu MM, iná je liečba chronického zápalu MM, iná je liečba intersticiálneho zápalu. Často používanou metódou je aj profylaktická liečba pred vznikom ďalších zápalov, kedy dávame pacientom pred vyšetrením, výkonom alebo po výkone dlhodobo antibiotiká. Mimoriadne dôležitou je aj imunoterapia močového mechúra pri opakovaných, dlho trvajúcich zápaloch MM. Najpoužívanejší liek sa volá Uro-vaxom.
